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쇼핑몰 법인 세금, 개인사업자와는 어떻게 다를까?

  • 세무법인 엑스퍼트
  • 작성일2025년 10월 24일
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안녕하세요.

세무법인 엑스퍼트 강남점 전자상거래 전문 강효정 세무사입니다.



쇼핑몰을 운영하다 보면 정산 구조가 플랫폼마다 달라서 헷갈리고, 법인세·부가세 신고 시 누락될 수 있는 부분이 많습니다.

특히 여러 플랫폼을 동시에 운영하는 대표님이라면 세금 관리가 점점 복잡해지죠.


쇼핑몰 법인 설립을 고려하고 계신다면 세금을 줄이는 방법과 

개인사업자와는 어떻게 다른지 짧게 정리해드리도록 하겠습니다.







플랫폼별 매출·미수금 관리는 필수

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스마트스토어, 쿠팡, 11번가, 쇼피 등 각 플랫폼은 정산 시기와 수수료 구조가 다릅니다.

따라서 법인 장부에서는 매출뿐만 아니라 아직 입금되지 않은 미수금도 정확히 관리해야 합니다. 

그렇지 않으면 매출과 현금 흐름이 맞지 않아 혼란이 생기고, 신고 시 오류가 발생할 수 있습니다.







홈택스 매출만 믿으면 위험
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일부 대표님들은 “홈택스에 뜨는 금액만 신고하면 되겠지”라고 생각하거나, 
세무대리인이 플랫폼별로 매출을 집계하기엔 시간이 많이 소요되니 
홈택스에 조회되는 그대로 신고하는경우가 있는데요

실제로 홈택스에는 일부 매출(특히 번개장터, 해외플랫폼 등)이 누락되어 표시되지 않습니다.
이를 놓치면 매출 누락으로 세무조사 리스크가 발생할 수 있습니다.






개인사업자와의 차이점
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법인은 부가세 혜택이 없습니다.


개인사업자의 경우 신용카드결제분에 대해 일정금액을 부가세에서 공제해주는 혜택이 있기 때문에 

동일 매출/매입이여도 부가세에서는 개인사업자 때 부담이 더 낮습니다.


 

법인의 경우 통장내역을 전부 제출해야합니다.

개인사업자와는 다르게 통장관리를 철저히 해야 세무리스크가 발생되지 않습니다.

대표자가 돈을 마음대로 뺏다 썼다 할 수가 없으며 돈을 함부로 가져갈 경우, 

법인에게 빚을 지는 것이고 세무리스크로 이어집니다.








자주 틀리는 실수들 (실무 사례 요약) 
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• 정산서에서 수수료를 뺀 금액만 매출로 인식 → 부가세·법인세 모두 왜곡. 반드시 총매출·비용 분리.


• 번개장터/해외플랫폼 매출이 홈택스에 안 보이길래 그냥 패스 → 매출누락·세무조사 리스크.


• 대표 개인 지출을 법인에서 결제 → 업무무관비용/상여처분. 가지급금은 이자·가산세·인정상여 이슈로 확대.







법인 전환, 언제가 좋을까?

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 재투자 계획이 있어 이익을 회사에 유보해야 하는 경우

 내부통제(통장·증빙·전결) 체계를 갖출 준비가 되어 있는지

 매출 규모가 커져 개인의 한계세율 구간에 진입


“내부통제 + 재투자 계획 + 인력 구조”가 준비된 시점이 실패 확률이 가장 낮습니다.



지금까지 전자상거래 전문, 강효정 세무사였습니다.







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